實時熒光定量PCR儀檢測肉類微生物的具體實驗步驟有哪些?

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實時熒光定量 PCR 儀檢測肉類微生物的具體實驗步驟如下:
樣品準備
采樣:使用無菌工具從不同部位采集適量的肉類樣品,放入無菌容器,防止樣品被外源微生物污染。例如,對于一塊生鮮肉,可從其表面、內(nèi)部不同位置多點取樣。
均質:將采集的肉類樣品剪碎后,放入無菌均質袋,加入適量無菌生理鹽水或緩沖液,用均質器均質,使微生物充分釋放到液體中。
核酸提取:采用核酸提取試劑盒進行操作。根據(jù)試劑盒說明書,取適量上述均質液,經(jīng)過細胞裂解、核酸結合、洗滌去除雜質、洗脫等步驟,提取微生物的核酸(DNA 或 RNA)。若檢測的目標微生物為 RNA 病毒等含 RNA 的種類,需用逆轉錄試劑盒將提取的 RNA 逆轉錄為 cDNA。
引物和探針設計與準備
設計:依據(jù)目標微生物的特異性基因序列,借助生物信息學軟件設計特異性引物和熒光探針。引物應能特異性結合目標基因的兩端,探針則與目標基因中間某段序列互補,且兩端分別標記熒光報告基團(如 FAM、VIC 等)和淬滅基團(如 TAMRA 等)。
合成與溶解:將設計好的引物和探針交由專業(yè)公司合成,收到后用無菌無核酸酶水溶解,配制成合適濃度的儲存液,如 10 μmol/L,于 - 20℃保存。
配制反應體系
在無菌的 PCR 反應管中依次加入以下成分(以 20 μL 反應體系為例):
2×PCR 反應預混液 10 μL(包含 DNA 聚合酶、dNTPs、緩沖液等)。
上游引物(10 μmol/L)0.5 μL。
下游引物(10 μmol/L)0.5 μL。
熒光探針(10 μmol/L)0.5 μL。
模板核酸(提取的 DNA、cDNA)2 μL。
用無菌無核酸酶水補齊至 20 μL。
輕輕混勻反應管內(nèi)的液體,短暫離心,使液體集中于管底。
設置反應程序
將配制好的反應管放入實時熒光定量 PCR 儀中,設置以下反應程序(不同目標微生物和試劑可能略有差異):
預變性:一般為 95℃,持續(xù) 3-5 分鐘,使 DNA 雙鏈充分解開。
循環(huán)反應:例如 95℃變性 15 秒,使 DNA 雙鏈再次分離;60℃退火和延伸 60 秒,在這個過程中引物與模板結合,DNA 聚合酶催化新鏈合成,同時熒光探針被降解,釋放熒光信號。通常進行 40 個循環(huán)。
數(shù)據(jù)采集與分析
在 PCR 反應過程中,實時熒光定量 PCR 儀會實時監(jiān)測每個循環(huán)的熒光信號強度,并自動記錄數(shù)據(jù)。
反應結束后,儀器軟件會生成擴增曲線和 Ct 值(循環(huán)閾值)。Ct 值是指熒光信號達到設定閾值時所經(jīng)歷的循環(huán)數(shù)。
通過與已知濃度的標準品的擴增曲線和 Ct 值進行比較,構建標準曲線。根據(jù)樣品的 Ct 值,從標準曲線上計算出樣品中目標微生物的核酸含量,進而推斷微生物的數(shù)量。如果樣品的 Ct 值小于設定的閾值且擴增曲線呈典型的 S 型,則判定樣品中存在目標微生物;若 Ct 值大于閾值或無擴增曲線,則判定樣品中不存在目標微生物或微生物含量低于檢測限。
以上就是實時熒光定量 PCR 儀檢測肉類微生物的詳細實驗步驟,實驗過程中需嚴格遵守無菌操作和實驗室安全規(guī)范,以確保結果的準確性和可靠性。
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